不久北匈奴单于派大将率领两万骑兵进攻车师，杀了车师后王。耿恭招募几千人马打了一仗，杀了几千个匈奴兵。可因为人马太少，他就守住城不再出去。匈奴把城外的水道全堵死，不让一滴水流到城里去。耿恭叫士兵们打井，可是打了十五丈深，还没有水。

将士们口渴难耐，只能挤榨马粪汁来饮用。此间艰辛，令人心酸。

耿恭仰天长叹：“听闻当年贰师将军李广利出征，拔刀刺山，就有巨泉飞涌而出，现在大汉仁德，我军怎么会走投无路呢？”说完，耿恭整理好着装，向井跪拜，向天祈求。

历史，有时候就是这么巧。就在耿恭拜井后不久，井中竟有涓涓细流冒出。将士们大喜过望，奔走相告。

耿恭对士兵们说：“先不要把水喝了。只要咱们再熬一下，匈奴就会退去的。”士兵们就都咬着牙，有水也不喝。耿恭命令士兵们把水一桶一桶地往城下倒。匈奴们见了直吐舌头，他们见汉军有水，突然都上马逃走了。

耿恭虽然渡过了这一次的难关，可是要守住西域抵抗匈奴，靠这一点兵力是不够的。果然就在那一年，匈奴兵马一到，焉耆王和龟兹王都反悔了，他们杀了西域都护陈睦，又进攻校尉关宠。接着车师王也反悔了，跟北匈奴联合起来攻打校尉耿恭。关宠上书向汉明帝求救，不料汉明帝死了，汉章帝刚即位。中国有了大丧，汉章帝才十八岁，大臣们大多不主张去救。

司徒鲍昱说：“驻扎在西域的将士是朝廷派去的。他们有了急难就把他们扔了，将来谁还肯出去抵抗呢？再说驻扎在西域的兵马才几千，他们都抵抗了这么多日子，可见匈奴的兵力也不怎么强。只要吩咐酒泉和敦煌的两个太守各发两千精兵去帮助关宠、耿恭，他们就可以对付匈奴了。”

于是汉章帝拜酒泉太守段彭为大将军。段彭调张掖、酒泉、敦煌三郡的人马和鄯善的骑兵日夜赶路往车师那边去。因为路远一时不能赶到。耿恭那边的粮食已经吃完了。他们宰了一匹马，挨了几天，后来弄得可以吃的东西都吃完了，耿恭鼓励士兵们说：“上次没有水喝，到底给咱们挖出水来了。咱们得坚持下去！”他们就把皮铠甲、弓弦、皮靴等煮成羹汤凑合着过日子。

匈奴单于见疏勒城久攻不下，看来得改变策略，便准备了糖衣炮弹，派人朝城内喊话：“耿将军，你若投降，我封你为白屋王，赠你以美女为妻。”

耿恭听了，心里冒出一个惊人的想法。他先将计就计，佯装答应投降，骗匈奴使者入城。匈奴使者一来，耿恭翻脸不认人，将他斩杀，随后把肉割下来，拿火烤了，坐城头上吃给匈奴人看。

岳飞的《满江红》里有一句，“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”，正是耿恭当年困守孤城时的真实写照。

耿恭之疯狂与顽强，让匈奴人震惊，也让朝廷动容。

第二年正月，范羌入城后发现，城中的汉军只剩下26人！这26人饥寒交迫，衣衫褴褛，眼神依旧坚毅，兵器仍然紧紧握在手中。见到援军相互扶持着，喜极而泣。

在援军的掩护下，疏勒守军撤退，沿途北匈奴派兵追击。一路劳顿，守城将士疲惫不堪，三月抵达玉门关时，耿恭所部半数没能坚持到最后，只剩下13人。